臨床質(zhì)譜代謝內(nèi)標(biāo)在處理和分析生物樣品時(shí)（如血漿、血清、全血、尿液和組織），經(jīng)常會(huì)發(fā)生分析物的損失和信號(hào)的波動(dòng)，這些情況可發(fā)生在樣品轉(zhuǎn)移、吸附、蒸發(fā)、進(jìn)樣體積變化等過程中，尤其在質(zhì)譜檢測時(shí)，來自基質(zhì)的離子化抑制或增強(qiáng)可引起質(zhì)譜檢測信號(hào)的變化（基質(zhì)效應(yīng)）。通過向同—分析批的所有樣品中加入等量的跟分析物具有相似物理化學(xué)性質(zhì)的內(nèi)標(biāo)，并用分析物與內(nèi)標(biāo)的響應(yīng)值比進(jìn)行定量計(jì)算，絕大部分分析物信號(hào)的波動(dòng)和量上的損失都可以得到矯正。使用—個(gè)好的內(nèi)標(biāo)可以極大地提高生物分析結(jié)果的準(zhǔn)確度、精密度和分析方法的可靠性。
臨床質(zhì)譜代謝內(nèi)標(biāo)定量分析中的應(yīng)用有時(shí)也被稱為同位素稀釋質(zhì)譜（IDMS）。為降低同位素干擾的影響，SIL-IS的分子質(zhì)量好比未標(biāo)記的分析物高出4~5個(gè)質(zhì)量單位。當(dāng)然，這也不是那么絕對，很多其他因素也得考慮，如化合物的純度和檢測的濃度范圍。在同位素內(nèi)標(biāo)當(dāng)中，13C或15N標(biāo)記的內(nèi)標(biāo)通常優(yōu)于氘（2H、D或d）標(biāo)記的內(nèi)標(biāo)，盡管氘標(biāo)記的內(nèi)標(biāo)容易合成也更便宜。在合成氘標(biāo)記的內(nèi)標(biāo)時(shí)，應(yīng)注意氘原子的取代位置，以確保在樣品制備過程中不發(fā)生氘-氫交換。
臨床質(zhì)譜代謝內(nèi)標(biāo)在這種情況下也可以使用結(jié)構(gòu)類似物內(nèi)標(biāo)。結(jié)構(gòu)類似物內(nèi)標(biāo)最好與分析物具有相同的關(guān)鍵化學(xué)結(jié)構(gòu)和官能團(tuán)（如—COOH、—SO2、—NH2、鹵素和雜原子），差別僅限于C—H部分（長度或位置）。如果關(guān)鍵化學(xué)結(jié)構(gòu)或官能團(tuán)不同，這將導(dǎo)致離子化效率和提取回收率（RE）的差異。此外，結(jié)構(gòu)類似物內(nèi)標(biāo)不應(yīng)與藥物在體內(nèi)生物轉(zhuǎn)化產(chǎn)生的任何產(chǎn)物（如羥基化代謝產(chǎn)物和N-脫烷基化代謝產(chǎn)物）相同，否則會(huì)產(chǎn)生干擾。結(jié)構(gòu)類似物內(nèi)標(biāo)可從與分析物同類的治療藥物中尋找或通過關(guān)鍵化學(xué)結(jié)構(gòu)來搜尋。一旦找到了結(jié)構(gòu)類似物，在做實(shí)驗(yàn)之前，可使用計(jì)算機(jī)軟件程序（如Pallas）來評估它們的物理化學(xué)性質(zhì)，如logD值（疏水性）與pK等，并與分析物做比較來確定所選的內(nèi)標(biāo)是否合適。
